2022年6月28日凌晨，南京市疾病预防控制中心通报，两名外地核酸检测阳性人员的4名密切接触者核酸检测结果异常。为此，南京市多个区于6月28日启动大规模核酸筛查。
通报称，6月27日，南京市先后接外省协查通报，有两名核酸检测阳性人员曾在南京市有旅居史，两人系同住家人。接报后，市、区两级立即启动应急处置机制，迅速对其在宁涉及场所实施临时管控措施，对密接人员进行排查管控。
目前已发现的4名核酸异常者均系外地阳性人员家庭成员。根据已掌握流调信息，相关人员在宁活动主要涉及世茂外滩新城小区、沿河花园小区、太平商场、六合体育馆等公共场所，以及鼓楼区和六合区的多家医院等。
随后，南京市疾控中心发布消息称，根据国家和省关于应对新冠肺炎疫情分区分级防控工作要求，经专家组研判，南京市疫情防控应急指挥体系同意，自2022年6月28日起，将六合区龙池街道沿河花园小区判定为中风险地区。
界面新闻注意到，截至6月28日上午11时30分，南京市下辖12个区中，除溧水区外都已发布开展区域性核酸筛查的通告，有的是进行全域筛查，有的是选取部分街道。
据南京日报报道，6月27日晚，南京市疫情防控应急指挥体系启动应急响应机制，会同各板块疫情防控指挥部及时研判当前疫情形势，部署突发疫情应急处置工作。会议要求，各级疫情防控指挥机构立即进行平急转换，各工作组全面开展工作，确保运转高效、快速响应。努力以最快的速度、最小的代价，把疫情控制在最小范围，全力巩固来之不易的防控成果。
此前在6月26日，南京市刚刚优化调整了疫情防控政策，决定对全域低风险城市的来（返）宁人员正常流动，不再查验核酸检测阴性证明。无中高风险地区行程史来宁车辆及人员，交通卡口一律不再查控，可正常通行。
近两日，安徽省发现多例阳性感染者。合肥市新站高新区疫情防控应急指挥部通报，6月27日00:31，在合肥火车站省外返回人员核酸检测中发现1名核酸检测结果异常人员（韩某某，女，54岁，近14天居住于省外，6月26日返回新站区）。宿州市下辖泗县通报，自6月26日以来，泗县已累计发现新冠肺炎无症状感染者3例，核酸初筛阳性3例。合肥市下辖肥西县疫情防控应急指挥部6月27日通报，该县发现一名市外来肥人员核酸阳性，该感染者系6月25日乘坐皖L开头网约车达到肥西。此外，淮北市濉溪县也新增2例无症状感染者。